総合型選抜は、「フロンティア入試」という名称で実施されています。共通テストの受験が必須の「TypeⅠ」と、共通テストを受験する必要がなく総合問題や口頭試問が課される「TypeⅡ」の2つの方式があります。TypeⅠは、理学部地球惑星科学科、医学部医学科・保健学科、歯学部、工学部応用理工系学科（応用マテリアル工学コース）、環境社会工学科（社会基盤学コース）、水産学部で実施されています。選考は1次と2次に分かれて段階的に実施されており、1次選考では書類による審査が行われ、2次選考では面接・総合問題・課題論文等が課されます。また、第2次選考の合格者は共通テストを受験し、その得点によって最終合格者が決定されます。TypeⅠに特徴的な点として「コンピテンシー評価書」があります。これは、出願時に提出が必須のもので、受験者が所属する学校の教員がその生徒を評価し、作成するものとなっています。受験生はTypeⅠで出願する際はその旨を学校に伝え、教員が申請・登録を行う必要があります。
   また、2025年度のTypeⅠでは共通テスト合格基準点に関する変更がありました。医学部医学科の基準点が765点から720点に、医学部保健学科理学療法学専攻では680点から600点に、工学部環境社会工学科（社会基盤学コース）では225点から210点となり、基準点が下がりました。また、今まで公表が無かった医学部保健学科の各専攻でも2025年度から新たに合格基準点が公開され、医学部保健学科の看護学専攻、放射線技術科学専攻、検査技術科学専攻、作業療法学専攻で基準点が600点となりました。これに加え、これまで合格基準点に関して「○○点以上」という文言がありましたが、2025年度は医学部医学科以外の学部学科で「○○点程度」という表現に変更されました。これは、共通テストの難易度により得点率が変化するため、それに対応するための措置となります。

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   TypeⅡは理学部と工学部で実施され、理学部は数学科・物理学科・化学科・生物科学科（高分子機能学専修分野）で、工学部は応用理工系学科（応用物理工学コース）・機械知能工学科・環境社会工学科（環境工学コース）に分かれています。2段階で選考を行う点はTypeⅠと同様ですが、TypeⅡでは2次選考で適性試験が課されます。これは、数学・理科の学力を測る試験で、学部学科ごとに指定の教科を受験します。また、面接の際に口頭試問が行われる学部もあり、面接でも志望する学部学科に関する深い知識・技能が要求されます。TypeⅡでは12月の2次選考合格者発表時に合格者が決定するため、共通テストの得点での合否の判定はありませんが、指定された科目の共通テスト自己採点結果の提出が課されます。